舟山市疾病预防控制中心为隶属于舟山市卫生健康委的公益一类事业单位，主要承担全市公共卫生与健康保障职能，具体包括传染病防控及肿瘤、高血压、糖尿病等慢性病防控，突发公共卫生事件应急处置，疫情报告及健康相关因素信息管理，健康危害因素监测与控制，实验室检测分析与评价，健康教育与健康促进，技术管理与应用研究指导等七大工作职能266项具体工作任务。中心建筑面积6500平方米，其中实验室用房3500平方米。中心内设4个职能科室和9个业务科室；核定编制50名，专业技术岗位聘45人，其中高级职称17名，博士2名、硕士17名。
中心拥有省级“151人才工程”人员2名，市“111人才工程”人员7人, 市五一劳动奖章获得者1人，市十大杰出青年2名，市有突出贡献的优秀专业技术人才2人，市拔尖人才2名，市科技杰出青年5人，享受国务院特殊津贴1人。中心目前承担的“海产品健康危害因素关键技术研究重点实验室”是舟山市属单位承担的唯一一家省级重点实验室，也是全省唯一一家以海产品安全与人群健康关系，海产品保鲜、绿色加工及质量控制等领域为研究方向的实验室。
中心积极推进人才培养与科技创新，加强平台建设，与美国俄克拉荷马大学、奥地利格拉茨大学、澳大利亚格里菲斯大学、中科院、浙大环资学院、浙大公共卫生学院、中国疾控中心、南昌大学、省医科院、上海市疾控中心等10多个单位建立了合作平台，通过对外合作交流、人才培训，使中心的业务、科研水平得到了长足进步，位于全省同行前列。
中心宗旨：贯彻预防为主，以“和谐、奋进、务实、创新” 为方针，为全市人民健康服务，为我市社会发展和经济建设服务。